| # | Rider | Team | Time | Gap |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Danilo Di Luca | LPR Brakes - Ballan | 05:00:19 | |
| 2 | Davide Rebellin | Gerolsteiner | + 02 | + 02 |
| 3 | Alexandr Kolobnev | Team CSC - Saxo Bank | + 02 | + 02 |
| 4 | Matthew Lloyd | Silence - Lotto | + 02 | + 02 |
| 5 | Giampaolo Caruso | Ceramica Flaminia-Bossini Docce | + 02 | + 02 |
| 6 | Cadel Evans | Silence - Lotto | + 05 | + 05 |
| 7 | Michele Scarponi | Serramenti - Androni Giocattoli | + 05 | + 05 |
| 8 | Francesco Masciarelli | Acqua e Sapone - Caffe Mokambo | + 16 | + 16 |
| 9 | Robert Gesink | Rabobank | + 19 | + 19 |
| 10 | Rinaldo Nocentini | AG2R La Mondiale | + 19 | + 19 |
| 11 | Janez Brajkovic | Astana | + 30 | + 30 |
| 12 | Mauro Finetto | CSF Group - Navigare | + 30 | + 30 |
| 13 | Damiano Cunego | Lampre | + 30 | + 30 |
| 14 | Stefano Garzelli | Acqua e Sapone - Caffe Mokambo | + 30 | + 30 |
| 15 | Oliver Zaugg | Gerolsteiner | + 33 | + 33 |
| 16 | Josep Jufré | Scott - American Beef | + 33 | + 33 |
| 17 | Andrea Masciarelli | Acqua e Sapone - Caffe Mokambo | + 46 | + 46 |
| 18 | Luigi Sestili | Ceramica Flaminia-Bossini Docce | + 56 | + 56 |
| 19 | Luca Mazzanti | Tinkoff Credit Systems | + 56 | + 56 |
| 20 | Christian Pfannberger | Barloworld | + 01:05 | + 01:05 |
| 21 | Domenico Pozzovivo | CSF Group - Navigare | + 01:05 | + 01:05 |
| 22 | Francesco Failli | Acqua e Sapone - Caffe Mokambo | + 01:14 | + 01:14 |
| 23 | Giovanni Visconti | Quick Step | + 01:28 | + 01:28 |
| 24 | Sylwester Szmyd | Lampre | + 01:28 | + 01:28 |
| 25 | Vincenzo Nibali | Liquigas | + 02:27 | + 02:27 |
| 26 | Gustav Larsson | Team CSC - Saxo Bank | + 02:27 | + 02:27 |
| 27 | Grischa Niermann | Rabobank | + 02:36 | + 02:36 |
| 28 | Donato Cannone | NGC Medical - OTC Industria Porte | + 02:36 | + 02:36 |
| 29 | Leonardo Giordani | Ceramica Flaminia-Bossini Docce | + 02:45 | + 02:45 |
| 30 | Andrea Noè | Liquigas | + 02:45 | + 02:45 |
| 31 | Morris Possoni | Team Columbia | + 02:45 | + 02:45 |
| 32 | Pieter Weening | Rabobank | + 02:45 | + 02:45 |
| 33 | Bruno Rizzi | NGC Medical - OTC Industria Porte | + 02:45 | + 02:45 |
| 34 | Julien Loubet | AG2R La Mondiale | + 03:05 | + 03:05 |
| 35 | Evgeni Petrov | Tinkoff Credit Systems | + 03:16 | + 03:16 |
| 36 | Dario Cioni | Silence - Lotto | + 03:16 | + 03:16 |
| 37 | Chris Horner | Astana | + 03:16 | + 03:16 |
| 38 | Andrea Tonti | Quick Step | + 03:30 | + 03:30 |
| 39 | Matej Mugerli | Liquigas | + 03:40 | + 03:40 |
| 40 | Hubert Krys | Ceramica Flaminia-Bossini Docce | + 03:55 | + 03:55 |
| 41 | Marco Pinotti | Team Columbia | + 04:00 | + 04:00 |
| 42 | Gabriele Missaglia | Serramenti - Androni Giocattoli | + 04:00 | + 04:00 |
| 43 | John Gadret | AG2R La Mondiale | + 04:00 | + 04:00 |
| 44 | Angel Madrazo | Scott - American Beef | + 04:00 | + 04:00 |
| 45 | Rubens Bertogliati | Scott - American Beef | + 05:15 | + 05:15 |
| 46 | Marco Marzano | Lampre | + 05:15 | + 05:15 |
| 47 | Serguei Klimov | Tinkoff Credit Systems | + 05:15 | + 05:15 |
| 48 | Bauke Mollema | Rabobank | + 05:15 | + 05:15 |